Le cellule staminali possono essere generalmente suddivise in embrionali e adulte a seconda del tessuto da cui derivano. Nel caso delle cellule staminali umane, se sono state prelevate da un embrione (precisamente dalla “inner cell mass” = massa cellulare interna, includente epiblasto ed ipoblasto di un embrione di 4-5 giorni, prima dell'impianto nell'utero materno) si chiamano “embrionali”, se invece prelevate da un tessuto di una persona adulta si chiamano “adulte”. In realtà le cellule staminali esistono anche nei feti, nei neonati e ad ogni stadio della vita di un organismo.
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